Hiába született újabb törvény, több országgyűlési határozat, az épületben egyelőre hadikórház működött. Az 1848/49-es szabadságharc alatt ugyan Mészáros Lázár tábornok, hadügyminiszter kezdeményezésére létrejött a Magyar Hadi Főtanoda, de csak rövid ideig működhetett. A szabadságharc után a Ludovika épülete ismét hadikórháznak adott helyet.
