1939. május 22-én úgy rendelkezett, hogy a tisztképzés az 1939/40-es tanévtől kezdődően a következő három katonai főiskolán történjék: a Ludovika Akadémián a gyalogsághoz, lovassághoz és tüzérséghez, a Horthy Miklós Honvéd Repülő Akadémián a légierőhöz; a Bolyai János Honvéd Műszaki Akadémián a műszaki vonatkozású fegyvernemekhez és csapatnemekhez, valamint a csendőrséghez képezzenek tiszteket. A II. tanulmányi főcsoport tehát felvette a Bolyai János nevet, az I. tanulmányi főcsoport pedig ismét Ludovika Akadémia néven működött. 1942-ben a fokozott tiszthiány miatt a képzési időt 2 évre csökkentették, de azt az egyéves csapatszolgálat beszámításával továbbra is 3 évesnek tekintették. Az 1943/44-es tanévtől a képzés ideje, tartama tovább csökkent. 1944 őszétől az akadémikusokat vidéki helyőrségekbe telepítették, ahol az erődítési munkáknál szakasz- és rajparancsnoki beosztást láttak el. A Ludovika Akadémia utolsó tisztavatása 1944. november 15-én, Körmenden, a Batthyány-kastély várkertjében és Hajmáskéren volt. Ezt követően az intézmény Németországba települt át, működése 1945. április 25-én megszűnt.
