1594-ben váradi kapitányként döntő része volt abban. hogy Erdély a török ellen fordult. 1595 őszén az erdélyi hadak Bocskai vezetésével Gyurgyevónál megverték Szinán nagyvezér utóvédjét. A kezdeti sikerek azonban Erdély számára egyre több nyomorúságot hoztak. Török és tatár beütések pusztították a fejedelemséget, de a szövetséges császári csapatok is rengeteg kárt okoztak. Amikor Bocskai felemelte szavát ez utóbbiak ellen, 1602-ben két évre Prágába internálták. 1604-ben hazatért. Birtokai visszaszerzése érdekében felvette a kapcsolatot a törökökkel és a bujdosókkal, de amikor visszakapta jószágait, visszavonult a közügyektől. A bujdosók egyike, Bethlen Gábor azonban székében terjesztette, hogy Bocskai továbbra is kapcsolatban áll velük. Erre Belgiojoso kassai főkapitány magához hívatta Bocskait, mire az a fegyveres ellenállás mellett döntött. Az általa indított felkelés rövid időn belül óriási méreteket öltött. Az ország nagy részének elege volt a császári udvar erőszakos ellenreformációs politikájából és a császári csapatok pusztításaiból. Bocskai megnyerte magának a hajdúkat, s 1604. október 15-én Álmosd és Diószeg között szétverte az ellene küldött idegen katonaságot. A hónap végén elfoglalta Kassát. s csapatai a bányavárosokig portyáztak. 1605 tavaszára az egész Felvidék, június közepére a Dunántúl nagyobb része csapatai kezébe került. Közben a fölkelt rendek szerencsi országgyűlése Magyarország fejedelmévé választotta. Szeptember elején elfoglalta Erdélyt, amelynek február 21. óta választott fejedelme volt.
Bocskai István
fejedelem
(1557 - 1606)